1981年，曾在涂嶺鎮松園村山坡上和蘆樸（原稱路打）村坡地上發現石錛和狩獵用的石箭簇，以及陶片等。1987年在蘆樸村后埔自然村蟻山（又名艾山、行山）發現了轟動一時的新石器文化遺址（生活年代約在商周時期），找到陶器、石錛等一批文物。說明泉港地區在文獻記載以前，已經有了先民居住，他們應屬于閩越族的一支。
夏商兩代，今泉港區域劃屬揚州。
西周至東周初期，泉港屬七閩地。春秋末期至戰國初期，泉港屬越國地。周赧王九年（公元前306年）前后，越亡，泉港屬楚國地。
公元前221年，秦王嬴政掃平六國，統一全國，分天下為三十六郡，泉港屬閩中郡轄地，為閩越族無諸所領。
漢初，泉港屬閩越王國，漢武帝元鼎五年（公元前112年），廢閩越王國后泉港改隸會稽郡冶縣。東漢獻帝建安元年（196年）屬侯官都尉轄地。
三國時，吳國景帝永安三年（260年）后泉港屬建安郡東安縣地。
西晉武帝太康三年（282年）后屬晉安郡。東晉穆帝永和十二年（356年），晉安郡王林祿薨后葬九龍崗，即今涂嶺鎮龍頭嶺閩林始祖陵。此為研究“晉人衣冠南渡”的歷史提供了有力的實物佐證。
南北朝時，南朝宋泰始四年（468年）改晉安郡為晉平郡，泉港屬晉平郡。梁武帝天監（502—519年）中，析晉平郡地置南安郡，泉港屬南安郡南安縣。
隋朝時屬泉州（州治在福州）南安縣地。
唐玄宗開元六年（718年），準刺史馮仁智之奏請，析南安縣東南十五個里置晉江縣，“以其地臨晉江，故取為名。”泉港為晉江縣屬地。為加強管理，晉江縣在縣東北增設一個官署（在今前黃鎮古縣村），以治理今惠安、泉港等地。
五代十國時，泉港屬閩國轄地。南唐保大三年（945年），即閩國王延政天德三年，閩國為南唐所滅，泉港屬清源軍晉江縣。
北宋太祖乾德二年（964年），清源軍改為平海軍，泉港屬焉。
北宋太宗太平興國六年（981年），李椅為泉守時，析福建路晉江縣東鄉十六個里置縣，取“以惠安民”之義稱為惠安縣。縣署由古縣遷至今螺城鎮。即俗稱“太平興國間，古縣遷惠安”。全縣設3個鄉，今泉港區域內設一鄉五里，即城山鄉，領崇德、德音、光德、待賢、民蘇等5個里。自此，泉港一直歸屬泉州府惠安縣管轄，到1996年肖厝經濟開發區管委會成立止，歷時1015年。
元、明、清時今泉港區域內設忠恕鄉，轄德音、光德、待賢、民蘇等4里，下設六、七、八、九、十、十一、十二、十三等8都。
中華民國初泉港屬廈門道惠安縣。1935年8月，行保甲制，惠安縣分8個區，泉港區域設壩頭、涂嶺兩區。1943年裁撤區公所，泉港區域設山腰、壩頭、涂嶺3個鄉。1949年8月18日，山腰鹽警起義，泉港地區解放。23日，惠安縣城解放。9月5日，惠安縣人民政府成立，泉港屬焉。
泉港地區原稱“肖厝”。肖厝原是惠安縣北部南埔鎮轄下的一個漁村，因村口之湄洲灣天然良港“肖厝港”而著名。
在國際航運圖標上，肖厝是閩東南的一個重要標點。1996年4月21日，為加快原惠安縣北部地區作為福建省的重要石化基地的開發，福建省人民政府決定在原肖厝鎮的基礎上設立泉州市肖厝經濟開發管理委員會，為泉州市人民政府派出的正縣級行政機構，統一管理協調區域內的經濟建設和社會發展事務。
因“肖厝”這個地名古俗且小氣，又因方言“肖厝”音同“燒厝”，既容易誤會，也不好聽，所以“肖厝”若再作為區名顯然是不適宜的。為加快石化基地的開發建設，1999年，肖厝黨工委、管委會申報設立“湄港區”。又因為“湄港”極易使人誤認為是湄洲灣，會與莆田管轄區域混淆，遂作罷另擬新名。考慮到肖厝港是泉州市不可多得的天然良港，稱為“泉港”更為妥切，因此以“泉港”定名。后來市里就以“泉港”作為新區區名上報審批。
因肖厝港地處湄洲灣南岸港區，是終年不淤不凍的良港，可建造一至三十萬噸碼頭的深水岸線達5.5公里，是泉州市乃至福建省開發潛力最大的港口和經濟新增長點，因此，2000年4月12日，國務院批準同意設立泉港區，成為泉州市直轄的新區。同年12月28日，泉港區正式掛牌成立。
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